生物樣本中的核酸(DNA/RNA)會(huì)因?yàn)楹怂崦?、溫度、pH值、微生物、自身化學(xué)性質(zhì)等因素而發(fā)生被動(dòng)或主動(dòng)降解。然而,當(dāng)前市面上主流的生物樣本保存技術(shù)和產(chǎn)品并非專門(mén)為分子診斷而開(kāi)發(fā)。
作為分子診斷的第一步——高質(zhì)量的核酸樣本保存,對(duì)于分子診斷意義重大,近年來(lái)已逐漸被WHO、FDA和CDC所重視。高質(zhì)量的生物樣本保存,需要達(dá)到完整、保真和安全的目的,針對(duì)檢測(cè)而言,樣本保存所秉承的理念為:
-高質(zhì)量的輸入才有高質(zhì)量的輸出;
-垃圾輸入=垃圾輸出。
白堊紀(jì)生物科學(xué)家一直致力于給分子診斷行業(yè)提供更多“核芯”技術(shù),核酸樣本保存技術(shù)即為其中之一。傳統(tǒng)的核酸樣本轉(zhuǎn)運(yùn)方式為:“樣本嚴(yán)格的包裝——專業(yè)冷鏈運(yùn)輸——冷凍保存”;“紀(jì)者們”創(chuàng)新性的開(kāi)發(fā)了自有專利技術(shù)(GeneStoreTM技術(shù)),將樣本轉(zhuǎn)運(yùn)方式升級(jí)為:“普通包裝——室溫運(yùn)輸——室溫儲(chǔ)存”,極大簡(jiǎn)化了樣本轉(zhuǎn)運(yùn)和保存的可操作性,提升了分子診斷遠(yuǎn)程服務(wù)的可行性。
當(dāng)前,GeneStoreTM核酸樣本保存技術(shù)主要服務(wù)于三大領(lǐng)域:1)人類(lèi)基因組DNA檢測(cè)和學(xué)術(shù)研究;2)微生物組學(xué)研究;3)傳染性病原體核酸檢測(cè)。
圖5? 對(duì)拭子DNA產(chǎn)物進(jìn)行NGS測(cè)序
02、唾液樣本DNA保存
數(shù)據(jù)展示:我們將GeneStoreTM技術(shù)對(duì)糞便樣本基因組DNA的保存效果與市售產(chǎn)品進(jìn)行了比較,結(jié)果(圖10)顯示:經(jīng)過(guò)GeneStoreTM技術(shù)保存的糞便樣本,在第7天和第14天后,DNA依舊主帶清晰未明顯降解,而競(jìng)品則都已經(jīng)無(wú)法獲得完整性的DNA產(chǎn)物。
01、病毒樣本核酸保存
“紀(jì)者們”開(kāi)發(fā)了可用于新冠病毒、非洲豬瘟病毒、甲流、乙流、禽流感等病原體樣本中DNA/RNA保存技術(shù)??蓪?shí)現(xiàn)樣本中病毒DNA/RNA室溫下的長(zhǎng)期保存,保存時(shí)間最長(zhǎng)可達(dá)1年之久;同時(shí),該保存液可在1分鐘內(nèi)快速滅活病原體,避免工作人員二次傳染的風(fēng)險(xiǎn)。
數(shù)據(jù)展示:如圖11所示,將慢病毒原液(1x108拷貝/mL)分別與PBS(A)、生理鹽水(B)及GeneStoreTM保存液(C),以1:3體積比混合后進(jìn)行細(xì)胞感染實(shí)驗(yàn)。紫外熒光影像結(jié)果顯示(C)組無(wú)綠色GFP熒光信號(hào),且RT-PCR結(jié)果證實(shí)慢病毒攜帶的GFP基因無(wú)感染細(xì)胞及表達(dá),證明本產(chǎn)品可以快速高效滅活病毒。
如圖12所示,將COVID-19假病毒保存于GeneStoreTM保存液中,室溫下保存60日后,用核酸提取試劑盒提取獲得RNA,然后進(jìn)行RT-PCR檢測(cè)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示本GeneStoreTM保存液針對(duì)病毒RNA室溫下保存60天后,Ct值依然未升高,且保存效果明顯優(yōu)于對(duì)照產(chǎn)品(SupplierL)。
02、細(xì)菌樣本核酸保存
“紀(jì)者們”也開(kāi)發(fā)了系列可用于細(xì)菌類(lèi)微生物樣本中的核酸保存技術(shù)。細(xì)菌樣本保存領(lǐng)域中,難度最大的為痰液樣本中結(jié)核分支桿菌(MTB)及其DNA的保存,針對(duì)該應(yīng)用“紀(jì)者們”專門(mén)進(jìn)行了技術(shù)公關(guān),成功實(shí)現(xiàn)了用于痰液樣本采集、運(yùn)輸和保存所需要的保存液技術(shù),可確保樣本中細(xì)胞、細(xì)菌、病毒、支原體等類(lèi)型核酸(DNA)的穩(wěn)定,同時(shí)保持MTB測(cè)試的活力,可用于顯微鏡涂片檢查、微生物培養(yǎng)以及RT-qPCR檢測(cè)。現(xiàn)在已廣泛應(yīng)用于結(jié)核桿菌檢測(cè)領(lǐng)域;此外,該款產(chǎn)品也應(yīng)用在了肺癌脫落細(xì)胞、肺炎鏈球菌、肺炎支原體和呼吸道病毒等的核酸檢測(cè)中。
注:當(dāng)前,結(jié)核病依然是主要的全球性健康問(wèn)題之一。據(jù)WHO估計(jì)約1/3的世界人口(或20億人)感染有結(jié)核病。在結(jié)核病的早期診斷中,痰液是最常被采集的呼吸道樣本。痰液為一種高度粘液狀樣本,從采樣到實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行培養(yǎng)、涂片和顯微鏡檢查之前,必須經(jīng)過(guò)液化和去污染處理。CDC推薦的標(biāo)準(zhǔn)處理方法為“N-乙?;?L-半胱氨酸(NALC)/氫氧化鈉(NaOH)法”,利用NaOH殺滅污染的細(xì)菌,同時(shí)幫助樣本液化,但也顯著損害了分枝桿菌(MTB)的生存能力,從而降低了培養(yǎng)檢測(cè)的靈敏度。