醫(yī)械創(chuàng)新資訊
攝圖網(wǎng)
近期北京疫情因“新發(fā)地”相關(guān)多個(gè)聚集病例事件，出現(xiàn)疫情“小高峰”，受到全國(guó)關(guān)注。一方面是由于“新發(fā)地”在疫情爆發(fā)前10天，有超過(guò)百萬(wàn)人去過(guò)“新發(fā)地”，這些人群中，被感染的人員可能帶來(lái)非常大的不確定風(fēng)險(xiǎn)。另外，不管是“物傳人”還是“人傳人”問(wèn)題還尚不清楚，海鮮市場(chǎng)與百事廠區(qū)出現(xiàn)多人聚集性病例事件，引發(fā)公眾對(duì)海鮮等冷凍食品、可樂(lè)、薯片等安全性的擔(dān)憂。
新發(fā)地與華南海鮮市場(chǎng)、中央公園面積比較，reuters.
中國(guó)疾控中心病毒病所專(zhuān)家先后在6月14日和15日、17日，3次進(jìn)入新發(fā)地農(nóng)產(chǎn)品批發(fā)市場(chǎng)，采集了數(shù)百份樣本，發(fā)現(xiàn)有不少陽(yáng)性樣本，這些陽(yáng)性環(huán)境樣本可以幫助研究者還原“案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)”，鎖定傳染范圍甚至傳染源。專(zhuān)家傾向認(rèn)為，“人傳人”與“物傳人”都可能發(fā)生，是物品或人將北京之外的新冠病毒帶入了“新發(fā)地”。
“新型冠狀病毒國(guó)家科技資源服務(wù)系統(tǒng)”http://nmdc.cn/nCoV
6月18日晚間，中國(guó)疾控中心已通過(guò)“新型冠狀病毒國(guó)家科技資源服務(wù)系統(tǒng)”正式發(fā)布2020年6月北京新發(fā)地新冠疫情及病毒基因組序列數(shù)據(jù)。主要包括北京市確診病例基因組序列數(shù)據(jù)(NMDC60013902-01、NMDC60013903-02)以及環(huán)境樣本基因組序列數(shù)據(jù)(NMDC60013903-03)，這3個(gè)樣本均采集于2020年6月11日，為近期北京爆發(fā)的病毒樣本。同時(shí)中國(guó)疾控中心也向世界衛(wèi)生組織及全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織（GISAID）提交了新冠疫情及病毒基因組序列數(shù)據(jù)，以全球共享數(shù)據(jù)。
nextstrain網(wǎng)站展示北京樣本基因組序列數(shù)據(jù)位置，https://nextstrain.org/ncov
bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.14.151357
D614G流行變異情況，The D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity and decreases neutralization sensitivity to individual convalescent sera，doi:?https://doi.org/10.1101/2020.06.20.161323
具有D614G突變的毒株于2月初開(kāi)始在歐洲傳播，到5月成為世界范圍內(nèi)的主流毒株，在歐洲和北美占近70％的測(cè)序樣本。在印度，巴西、伊朗等地均有發(fā)現(xiàn)。
The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity，bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.12.148726
美國(guó)斯克里普斯研究所（Scripps Research）病毒學(xué)家Hyeryun Choe團(tuán)隊(duì)在預(yù)印本網(wǎng)站bioRxiv文章稱(chēng)發(fā)表最新研究表明，在整個(gè)歐洲和美國(guó)流行的 SARS-CoV-2變異體中的微小基因突變，有可能增加冠狀病毒上刺突蛋白的數(shù)量，這將大大提高了該病毒感染力，其感染人細(xì)胞的能力提高9-10倍。
D614G突變與感染力增強(qiáng)有關(guān)，bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.12.148726
SARS-CoV-2分離株編碼病毒中的D614G突變隨時(shí)間推移，峰值（S）蛋白在發(fā)現(xiàn)它的位置上占主導(dǎo)地位，這表明這種變化增強(qiáng)了病毒的傳播。Hyeryun Choe團(tuán)隊(duì)比較了功能殘基上帶有天冬氨酸（SD614）和甘氨酸（SG614）的S蛋白的特性，觀察到以SG614偽病毒感染的逆轉(zhuǎn)錄病毒感染了ACE2表達(dá)細(xì)胞比使用SD614的細(xì)胞明顯更有效。使用類(lèi)似病毒SARS-CoV-2 M，N，E和S蛋白的方法獲得了類(lèi)似的結(jié)果，SG614確實(shí)做到了不能比SD614更有效地結(jié)合ACE2，并且包含這些S的偽病毒康復(fù)期血漿以可比的效率中和蛋白質(zhì)。這些結(jié)果表明SG614比SD614更穩(wěn)定，這與流行病學(xué)一致數(shù)據(jù)表明帶有SG614的病毒可以更有效地傳播。
D614G突變，bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.12.148726
需要指出的是，該研究是使用制造關(guān)鍵冠狀病毒蛋白的無(wú)害病毒進(jìn)行的，研究觀察到的變化是否還能轉(zhuǎn)化為現(xiàn)實(shí)世界中傳播能力的提高，還需要進(jìn)行更多的流行病學(xué)研究。
The D614G mutation in SARS-CoV-2 Spike increases transduction of multiple human cell types，bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.14.151357
6月15日，紐約基因組研究中心Neville E. Sanjana團(tuán)隊(duì)基于偽病毒和人肺上皮細(xì)胞等細(xì)胞系，再次發(fā)現(xiàn)D614G變異讓偽病毒感染細(xì)胞的能力提升2.4-7.7倍，其中感染人肝細(xì)胞（Huh7.5-ACE2）最為顯著。
D614G流行變異情況，The D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity and decreases neutralization sensitivity to individual convalescent sera，doi:?https://doi.org/10.1101/2020.06.20.161323
6月20日，重慶醫(yī)科大學(xué)黃愛(ài)龍教授團(tuán)隊(duì)在預(yù)印本網(wǎng)站Biorxiv發(fā)表研究稱(chēng)，新冠病毒刺突S蛋白D614G氨基酸殘基的突變可顯著增強(qiáng)病毒的感染能力，并且能夠降低對(duì)個(gè)體恢復(fù)期血清的敏感性。
S-G614蛋白偽病毒顯示出更強(qiáng)的感染力，The D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity and decreases neutralization sensitivity to individual convalescent sera，doi:?https://doi.org/10.1101/2020.06.20.161323
文章指出，迫切需要確定這種稱(chēng)為D614G的突變會(huì)對(duì)從未有相關(guān)突變病毒中恢復(fù)的人們?cè)斐珊畏N威脅。同樣令人擔(dān)憂的是，對(duì)于以前感染了較溫和毒株且已經(jīng)康復(fù)的患者，新毒株實(shí)際可能導(dǎo)致第二次感染，但尚無(wú)臨床證據(jù)。他們的研究發(fā)現(xiàn)來(lái)自恢復(fù)期COVID-19患者的93％（38/41）血清可以中和S-D614和S-G614偽型病毒具有相當(dāng)?shù)男?，但約7％（3/41）的恢復(fù)期血清顯示出對(duì)S-G614假病毒的中和活性降低。這些發(fā)現(xiàn)對(duì)SARS-CoV-2傳播和免疫干預(yù)具有重要意義。
Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2，bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.29.069054
今年4月份，IBM AI醫(yī)療團(tuán)隊(duì)在四月份的一項(xiàng)研究中警告稱(chēng)，D614G突變可能會(huì)降低針對(duì)該病毒刺突蛋白的疫苗計(jì)劃有效性。5月，洛斯阿拉莫斯（Los Alamos）國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的研究員貝特·科伯（Bette Korber）發(fā)表論文指出，歐洲和美國(guó)東海岸流行的是一種新型突變體病毒，其傳播力更強(qiáng)?？茖W(xué)家開(kāi)始將注意力集中在D614G突變上。另外塞爾維亞一項(xiàng)研究中得出類(lèi)似的結(jié)論。
